Il 19 settembre 1941 i tedeschi entrarono a Kyiv (Kiev), la capitale dell’Ucraina. Buona parte del territorio ucraino, compresa la sua capitale,  dal 1° settembre, fu incorporato nel Reichskommissariat Ukraine,  con Erich Koch come amministratore.
Prima dell’invasione tedesca, a Kiev risiedevano circa 160.000 ebrei, che costituivano circa il 20% della popolazione totale della città.  Quando l’Operazione Barbarossa ebbe inizio, nel giugno del 1941, circa 100.000 ebrei furono arruolati nell’esercito sovietico, mentre altri cercarono di fuggire da Kiev. Al momento dell’occupazione, nella città erano rimasti circa 60.000 ebrei, la maggior parte dei quali non erano riusciti a fuggire o non avevano voluto.  Erano per lo più donne, bambini, anziani e persone malate.
Durante la prima settimana dell’occupazione di Kiev, due attentati distrussero alcuni edifici occupati dai soldati tedeschi e le aree intorno alla via principale del centro della città.
Nelle esplosioni,  morirono molti soldati.
I tedeschi usarono questi eventi come pretesto per uccidere gli ebrei rimasti a Kiev.  In realtà quello che avvenne successivamente faceva parte di un piano ben preciso di sterminio di massa voluto dal governo centrale, che in una prima fase avrebbe dovuto colpire i maschi ebrei di almeno 15 anni, ma che in realtà coinvolse l’intera popolazione.
Tra il 29 e il 30 settembre 1941, l’Einsatzkommandos C presente in città, con l’aiuto di alcune unità di polizia tedesche e dei loro ausiliari,  uccisero gran parte della popolazione ebrea rimasta. Il massacro avvenne presso il fossato di Babyn Yar, appena fuori dalla città. 
Le vittime furono portate sul luogo, a gruppi di 50 oppure 100 persone, obbligate a spogliarsi e ad avvicinarsi al bordo delle fosse, scavate dagli ebrei arruolati forzatamente, “ebrei da soma” , dove vennero assassinati in sequenza. I corpi di chi arrivava dopo si ammassavano su quelli che già erano nella fossa e così di seguito. Alcune volte le vittime per ore restavano agonizzanti sotto il peso di chi cadeva loro addosso; quello che è certo è che tutti ebbero il tempo di capire cosa stesse accadendo.
Secondo i rapporti inviati ai quartieri generali dell’Einsatzgruppen a Berlino, 33.771 ebrei furono massacrati in 2 giorni. 

Il massacro di Babyn Yar fu una delle numerose fucilazioni di massa eseguite dai tedeschi all’inizio del 1941.
Fu anche una delle più grandi stragi di massa avvenute in un singolo luogo durante la Seconda Guerra Mondiale. 
Dal settembre 1941, il fossato di Babyn Yar rimase un luogo di sterminio per due anni.
Vennero assassinate decine di migliaia di persone, tra ebrei e non ebrei, come i pazienti di un ospedale psichiatrico locale, rom, prigionieri di guerra sovietici, e molti civili considerati scomodi per il regime.  
Le uccisioni di massa a Babyn Yar continuarono fino all’autunno del 1943. Pochi giorni dopo l’Armata Rossa riprese il controllo di Kiev.
Era il 6 novembre.
Prima dell’arrivo dell’esercito russo, i tedeschi iniziarono un’operazione sistematica volta a nascondere i crimini commessi a Babyn Yar.
Per farlo decisero di servirsi dei prigionieri del campo di concentramento di Syrets,  creato dai tedeschi nel maggio del 1942 ed usato per internare i prigionieri di guerra sovietici, i partigiani e gli ebrei sopravvissuti ai massacri di massa.
321 internati nel campo furono costretti ad esumare i corpi dalle fosse comuni e a bruciare i resti delle vittime. 18 detenuti riuscirono a scappare e a raccontare alle autorità sovietiche quanto avevano visto nel novembre del 1943.
Alla fine della guerra, nel gennaio del 1946, 15 membri della polizia tedesca furono processati per i crimini commessi a Babyn Yar.
Una donna ebrea sopravvissuta, Dina Pronicheva, testimoniò davanti a un tribunale sovietico. Raccontò quello che aveva visto a Babyn Yar:
“Ogni volta vedevo un nuovo gruppo di uomini, donne, anziani e bambini obbligati a spogliarsi. Tutti venivano portati nei pressi di una fossa aperta dove venivano fucilati con dei mitra. Poi veniva portato un altro gruppo… Ho visto questo orrore con i miei occhi. Nonostante non fossi vicina alla fossa, potevo sentire le urla delle persone in preda al panico e le voci dei bambini chiamare “Mamma, mamma…”.
Nel 1947, Paul Blobel, l’ufficiale a comando dell’Einsatzkommandos C,  venne processato a Norimberga.
Blobel fu uno dei 24 imputati del processo Einsatzgruppen e si dichiarò non colpevole.
La sua difesa argomentò che Blobel aveva semplicemente eseguito gli ordini.
Fu dichiarato colpevole e condannato a morte.
Venne impiccato nella prigione di Landsberg il giorno 8 giugno 1951.
Negli anni successivi si tennero altri processi a carico delle squadre mobili della morte, accusate di crimini di guerra.
Nel 1959, Erich Koch venne arrestato e processato. Fu condannato a morte da un tribunale polacco per i crimini commessi nella Polonia occupata durante la Seconda Guerra Mondiale. Non fu mai processato o condannato per i suoi crimini di guerra commessi nell’Ucraina occupata. A causa di una malattia mortale, la sentenza di Koch fu commutata in ergastolo.
Koch morì di morte naturale in una cella della prigione di Barczewo,  in Polonia, il 12 novembre 1986. 
A Babyn Yar non fu eretto alcun monumento alla memoria delle vittime della violenza nazista fino al 1976, quando i sovietici finalmente ne installarono uno. Nella targa commemorativa non veniva fatta alcuna menzione delle vittime ebree dell’eccidio, ma semplicemente di vittime civili.
Dopo la dichiarazione di indipendenza dell’Ucraina, un monumento a forma di Menorah in ricordo delle vittime ebree di Babyn Yar fu eretto il 29 settembre, in occasione del 50° anniversario della fucilazione di massa.